Mais la pleine connaissance des interactions entre les micro-organismes qui composent la flore intestinale du cheval et l’organisme hôte manque aux chercheurs pour comprendre toutes les subtilités de leur influence.
C’est pourquoi des chercheurs ont établi un véritable catalogue des gènes de l’ensemble des micro-organismes composant le microbiote intestinal. Pour ce faire, ils ont analysé le microbiote intestinal de 11 chevaux d’endurance, et trouvé plus de 25 millions de gènes différents qui appartiennent à 4.696 genres de bactéries différentes.
Ces millions de gènes se présentent comme un puzzle qu’il leur faut assembler par bioinformatique. Les scientifiques ont ainsi assemblé 329 nouveaux génomes complets de bactéries.
Des modèles mathématiques ont permis de croiser ces nouvelles données avec des analyses physiologiques, cardiaques et sanguines de chevaux à l’exercice. Le résultat est net : il y a un lien entre composition du microbiote et aptitude cardiovasculaire pendant la course, un microbiote diversifié ayant un effet bénéfique. Les chevaux porteurs d’un microbiote moins diversifié, surtout riche en bactéries du genre Lachnospiraceae, récupèrent moins bien après l’exercice d’endurance.
Une nouvelle voie s’ouvre vers une alimentation animale encore plus individualisée, pour favoriser le bien-être des chevaux et leur santé, et faciliter naturellement leur potentiel de performances sportives. Cela passerait par des apports nutritionnels mieux adaptés et l’utilisation raisonnée de probiotiques.
Le microbiote intestinal est composé de milliards de microorganismes. Mais ils ne sont pas tous identiques entre eux, plusieurs espèces cohabitent. Et même au sein de chaque espèce, des variations existent. Pour évaluer cette diversité, les chercheurs étudient la composition génétique du microbiote et la caractérisent à l’aide de mesures statistiques. En général, la diversité du microbiote intestinal est favorable pour l’hôte, et un signe de bonne santé. Lorsqu’un genre microbien pathogène se développe trop par rapport à la population générale, l’hôte peut souffrir, de troubles intestinaux par exemple.
