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Analyse génomique des femelles Holstein: vers plus d’amélioration

N’ayant émergé que récemment, la génomique est un domaine prometteur pour la sélection animale. L’Awé (Association wallonne de l’élevage) a donc profité de ses Holstein Days pour en présenter plus précisément les tenants et aboutissants aux éleveurs. L’occasion également de leur proposer une nouvelle offre d’analyses génomiques.

Temps de lecture : 5 min

Lors des Holstein Days, l’Awé a présenté les différents intérêts de l’analyse génomique des femelles Holstein, et surtout la nouvelle offre de services qu’elle propose aux éleveurs. Avant d’en arriver à cette offre, Alain Gillon a éclairci le sujet, assez peu abordable a priori, via un petit exposé théorique.

Valeur génétique

De manière simpliste, la valeur génétique peut être approchée grâce à une équation : P = G + E. « P » représente la performance, qui regroupe tous les éléments tels que la production, la fertilité, la résistance aux mammites, etc. « E » représente l’environnement, qui reste fixe au sein d’une exploitation. « G », enfin, représente le génotype, c’est-à-dire la part qui se transmet de génération en génération, et qui nous intéresse donc pour la sélection génétique.

Il est à noter que, dans cette équation, l’importance de « G » par rapport à « E » varie en fonction des critères. Par exemple, l’héritabilité du facteur « lait » est de l’ordre de 40 %, tandis que pour le facteur « fertilité », cette valeur tombe à 2 ou 3 %. Malgré ce faible chiffre, cela vaut quand même la peine de réaliser de la sélection génétique sur ce facteur car, comme dit précédemment, l’environnement reste fixe au sein d’une exploitation, donc la performance ne peut être améliorée d’une génération à l’autre de ce côté-là.

Calcul, index et fiabilité

« Pour calculer la valeur génétique de manière fiable, il est très important que le pedigree soit le plus complet possible. », explique Alain Gillon. La valeur génétique est représentée par des index économiques synthétiques qui regroupent les caractères en trois catégories. La production est exprimée via le V€L (pour lait), la fonctionnalité via le V€F, et la morphologie via le V€T qui regroupe les V€M (membres), V€C (corps) et V€P (pis). Enfin, le bien connu V€G représente l’index global de l’animal, soit le total des trois index précités.

La fiabilité, c’est-à-dire la confiance qu’on peut avoir dans ce V€G, augmente avec l’âge de la vache et son nombre de lactations. En effet, pour un animal sans performance propre ni descendance, la valeur génétique ne sera calculée que comme étant la moyenne de celles des parents, et la fiabilité ne sera que de 30 %. Avec l’âge, la vache aura subi plus de contrôles laitiers et ses descendants auront pu présenter de premiers résultats, ce qui permettra d’affiner le calcul de sa valeur génétique.

Intérêts de la génomique

« L’index génomique permet, en analysant l’adn de l’animal, d’augmenter la fiabilité de sa valeur génétique. », poursuit Alain Gillon. « Cela est d’autant plus vrai pour les génisses dont les performances ne sont pas encore connues. En cas d’analyse génomique des femelles Holstein, il sera donc toujours plus intéressant de commencer par les génisses du troupeau, si les moyens financiers ne permettent pas d’en faire analyser l’ensemble. »

Les intérêts de ce type d’analyse sont multiples. Tout d’abord, cela permet de connaître les marqueurs et haplotypes non visibles de l’animal, comme par exemple le facteur rouge ou le gène sans corne. Cela vérifie également la parenté et donne donc la possibilité de corriger d’éventuelles erreurs dans le pedigree pour éviter des problèmes de consanguinité. À condition de l’effectuer dès la naissance, les animaux inintéressants peuvent être immédiatement éliminés.

De plus, si l’analyse est réalisée sur l’ensemble du troupeau, il est possible de connaître avec plus de précision le niveau génétique des femelles et donc de garder les meilleures pour le renouvellement tout en ciblant davantage les accouplements pour un plus grand gain génétique. Les autres peuvent alors être utilisées pour le croisement industriel afin d’augmenter la rentabilité de l’exploitation. Ces solutions peuvent amener à une optimisation de l’utilisation des semences sexées qui coûtent en moyenne le double du prix des semences normales.

Services proposés

Patrick Mayeres, de l’Awé, présente le service actuellement disponible pour les éleveurs : « Les échantillons wallons sont analysés en laboratoire en Allemagne. C’est donc l’index allemand, très fiable et bénéficiant d’une belle visibilité internationale, que reçoit l’éleveur, ainsi que le V€G officiel trois fois par an. » Ce système étant assez coûteux, il paraît néanmoins improbable de l’appliquer à l’ensemble du troupeau.

Via la nouvelle offre proposée, les analyses adn se font au Giga à Liège, le V€G officiel est toujours donné trois fois par an, mais un V€G non-officiel, obtenu par système approché et donc un peu moins fiable, est calculé chaque semaine. L’objectif pour l’exploitant est alors d’obtenir la valeur de son animal dans le mois de sa naissance pour décider au plus vite de sa vente ou non. Un autre avantage est celui du prix, puisqu’il serait environ moitié moindre que celui de l’analyse en Allemagne. En outre, un remboursement est proposé par l’Awé à ses clients pour les 20 premières analyses.

Enfin, une autre offre est en projet pour l’année 2018. Elle consiste, pour les troupeaux dans lesquelles les analyses génomiques ont été réalisées, à déterminer sur base d’un échantillon du tank à lait quelle(s) vache(s) contribue(nt) le plus au taux cellulaire du tank.

Plus d’informations sur l’analyse génomique sont disponibles auprès de l’Awé.

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