Il est également important de prendre en compte la résistance au charbon dans le choix variétal. En effet, des différences de sensibilité variétale existent. Selon les années, du charbon peut être observé sur tiges et/ou sur épis.

Lorsqu’il est présent sur les tiges seulement, le charbon est très peu dommageable pour le rendement en MS et la valeur alimentaire du fourrage récolté. Par contre, en cas d’infestation importante, sa présence sur l’épi peut avoir une influence négative sur le rendement en matière sèche, la valeur alimentaire et l’appétence du maïs fourrage.