Plusieurs champignons peuvent attaquer les épis. Certains se développent lorsque les épis sont encore bien verts (septoriose, fusarioses) tandis que d’autres (les saprophytes) ne se manifestent que lorsque les épis approchent de la maturité. A l’exception des fusarioses, l’impact des maladies des épis est considéré comme plus faible. Leur gestion est donc englobée dans celle visant les maladies foliaires.